从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
有一颗神秘的光球从天而降。
忍者并不存在。 ...这就是我们的想法。即使忍者存在，他们也绝不会向我们展示自己的外貌。这就是为什么忍者不“正式”存在。主角卡场和时是一个普通的男孩，他和我们其他人一样相信忍者不存在。他被许诺过正常、快乐和光明的日子……至少他是这么想的。有一天，一时的生命受到威胁，他听说这是一名身穿盔甲的忍者所为。一时的性命为何成为攻击目标？那是因为……他是十九代忍者的合法继承者！伊卡和科卡多年来一直存在冲突，科卡试图入侵伊卡。为了让一时活下去……他别无选择，只能自己成为忍者！就这样，他沉浸在无人知晓的忍者世界中。学习、战斗、面对困难，成为一名成熟的忍者。然而，这只是一时残酷命运的开始……
伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
