从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
不死者之魔王雷欧尼斯为了日后将会迎来的决战而将自身的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女利瑟莉娅所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头...
