Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
不死者之魔王雷欧尼斯为了日后将会迎来的决战而将自身的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女利瑟莉娅所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头...
她们不是人类。但是，比任何人都憧憬着人类 对人间关系有心理阴影的奔三NEET：人间零。这样的我，刚想着要转职山清水秀的山区学校，过着优哉游哉的复健教师生活——那儿居然是为了让人外成为人类而设立的女校？！人鱼族水月镜花、狼人尾尾守一咲、兔子右左美彗、鸟羽根田帷……与这样不可思议的学生们渡过的日子。为什么想要成为人类，成为人类了想要干什么——我通过她们学习着“人类”。这既不是异世界奇幻，也不是转生人生重来。只不过是一所奇怪的学校，与向着成为人类努力的人外女子们一起渡过的，一位教师的故事。
当红男艺人…其实是女孩子！？不受欢迎的大学生恭平唯一的骄傲就是，他和男艺人有栖川炼其实是表兄关系。长大后他们就再没见过面了，某个夜晚，炼竟然偷偷溜进了恭平的公寓！然而，却因一场意外发现炼其实是女生！？
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
